Έντεκα χειρόγραφα Ευαγγέλια και πολλά άλλα σπάνια βιβλία αφαιρέθηκαν από τη Βιβλιοθήκη της Μεγάλης του Γένους Σχολής , όπως αποκαλύφθηκε από την τουρκική εφημερίδα Bugun μετά από δήλωση του νεοδιορισμένου  στο σχολείο υποδιευθυντή Χικμέτ Κονάρ.
Το καθεστώς τρόμου ,όμως, που υπάρχει στην Τουρκία  δεν επέτρεψε και παλαιότερα που είχε διαπιστωθεί λεηλασία της σχολής να γίνει καταγγελία στις αρχές προκειμένου να εντοπιστούν
οι υπεύθυνοι και να σταματήσει η κλοπή. Φαίνεται πως οι ομοεθνείς μας φοβόντουσαν τα χειρότερα και δεν ζητούσαν τη συνδρομή της Τουρκικής Αστυνομίας.

Ο υπεύθυνος για τη διοίκηση του σχολείου Θανάσης Αγγελίδης είπε ότι και πριν από χρόνια είχαν εντοπιστεί βιβλία με την σφραγίδα της Σχολής σε παλαιοπωλεία, όμως λόγω των συνθηκών κανένας δε είπε ποτέ τίποτα…

Συγκεκριμένα  η εφημερίδα  Bugun στο σχετικό δημοσίευμα  με τον τίτλο «Έντεκα ιστορικά ευαγγέλια είναι χαμένα» και με τον υπέρτιτλο «Σκάνδαλο στο σχολείο των 550 ετών στο Φανάρι» αναφέρει ότι :

 «Οι διοικούντες το σχολείο και οι αρμόδιοι  παρουσίασαν στον κ. Κονάρ μία αίθουσα από σύγχρονα βιβλία, αλλά εκείνος επέμενε να δει την παλιά βιβλιοθήκη και τότε αποκαλύφθηκε η τύχη της παλιάς βιβλιοθήκης. Αποκαλύφθηκε ότι τα ιστορικά βιβλία του σχολείου είχαν τοποθετηθεί ανάμικτα σε κούτες και πρώτα τα είχαν πάει σε σοφίτες και αργότερα τα είχαν κατεβάσει στις αποθήκες.  Διαπιστώθηκε ότι έχουν χαθεί πολλά σημαντικά βιβλία, μεταξύ των οποίων και 11 χειρόγραφα ευαγγέλια και τα υπόλοιπα είναι αγνώριστα  από τις κουτσουλιές και  από την υγρασία.

Ο υπεύθυνος για τη διοίκηση του σχολείου  κ. Αγγελίδης είπε ότι τα βιβλία αυτά κρατούντο παλαιότερα στο χώρο του εργαστηρίου των ηλεκτρονικών υπολογιστών του σχολείου και ότι επί χρόνια σ’ αυτό το χώρο δεν είχε μπει κανείς. Αργότερα, δε,  αποθήκευσαν τα βιβλία, παίρνοντας άδεια και διαπίστωσαν στο μεταξύ ότι πολλά βιβλία είχαν χαθεί. Ο Αγγελίδης είπε ότι ένας φίλος του είχε δει  βιβλία με τη σφραγίδα του σχολείου να πωλούνται σε παλαιούς βιβλιοπώλες…»

Η εφημερίδα Bugun  που επιχειρεί να παρουσιάσει τον νέο υποδιευθυντή του σχολείου Χικμέτ Κονάρ ως σωτήρα των ιερών κειμηλίων της χριστιανοσύνης αναφέρει πως :

«με τις ενέργειές  του, ταξινομήθηκαν τα βιβλία και για τη διάσωση των ιστορικών βιβλίων ζητήθηκε βοήθεια από την βιβλιοθήκη χειρόγραφων βιβλίων του Σουλεϊμανιγιέ. Οι ειδικοί ζήτησαν την αλλαγή των ξύλινων βιβλιοθηκών και η διοίκηση του ιδρύματος κατασκεύασε μία νέα βιβλιοθήκη με μία δαπάνη 10.000 λιρών. Στο αρχείο έγινε ρύθμιση θερμοκρασίας και υγρασίας και μία μεγάλη αίθουσα διατέθηκε στη βιβλιοθήκη».